実験医学別冊 達人直伝 マイクロバイオーム研究実践プロトコール

序

本書は2016年12月に発刊された「NGSアプリケーション 今すぐ始める！ メタゲノム解析 実験プロトコール」（服部正平/ 編，羊土社）の改訂版としての位置付けで企画された．2016年当時はヒトマイクロバイオーム研究が国際的に開始されて10年ほど経った頃であり，本書はそのさらに10年後の企画となる．この10年の間に，当初マイクロバイオーム研究を牽引した米国NIHのHMPや欧州のMetaHITのような大型プロジェクトは，ヒト微生物ゲノムデータベースの拡充やメタゲノムデータの収集とデータ解析技術の開発など，ヒトマイクロバイオーム研究を推進する基盤作りという役割を全うし，現在では，世界も日本も個々の生命科学研究分野のなかのマイクロバイオーム研究として，そのトレンドは続いている．事実，2024年のヒト腸内マイクロバイオーム関連のPubMed論文数は2016年の約3.7倍に増加している．このようにヒトマイクロバイオーム研究が長期にわたって拡大し続けている現状は，新たな研究テーマがさらに見つかっていること，多くの研究者が描くゴールに到達していないこと，多くの未知がマイクロバイオームに埋もれていることなどを想像させる．そして，この背景として，マイクロバイオーム研究が医学や薬学分野にとどまらず，既存の系統分類学や生態学，栄養学/ 食品科学分野，人種や地域の食文化や生活様式などを研究する自然・文化人類学分野などにも波及していることが挙げられる．くわえて，ヒトデータと微生物データを統合的に解析するヒトマイクロバイオーム研究の推進はその原動力であるデータサイエンス（AIなど）技術のレベルアップとそれを担う人材の育成にもつながっている．データサイエンスの技術レベルは各国の科学技術レベルを測る指標の一つであり，よって，ヒトマイクロバイオーム研究がもつ科学的・社会的インパクトは計り知れないほど広く深遠である．一方で，論文数の増加と研究範囲の拡大は，研究者間での正確な知識の共有や正しい情報伝達を撹乱する要因の増加も伴う．生み出したデータが混乱を招かないようにするためにも，研究の正しい手法を身につけ，信頼性の高いデータを生産し蓄積していくことはヒトマイクロバイオーム研究に携わるわれわれの責務であろう．

そこで本書は，我が国のヒトマイクロバイオームのプロフェッショナル研究者にその長年培った正しい技術や知識，ノウハウをもとに，今日に至る10年間で進展した研究や新たに出現した研究，それに関わる解析技術の発展などとともに実験とデータ解析，さらにはデータ解釈におけるピットフォールや注意点を含めて解説していただいた．急速に拡大し，深化し続けるヒトマイクロバイオーム研究の最前線において，本書が読者の皆様にとっての羅針盤となり，それぞれの研究をさらに発展させ，新たな知見や技術革新を生み出すための一助となることを編者として心より願っている．

2025年6月

服部正平